Οι λοιμώξεις του γεννητικού συστήματος έχουν διαφορετικές αιτίες από αυτές του ουροποιητικού. Οι μεν λοιμώξεις του γεννητικού μπορεί να μεταδίδονται με τη σεξουαλική επαφή, εν αντιθέση όμως οι λοιμώξεις του ουροποιητικού μπορεί να πυροδοτούνται αλλά δεν μεταδίδονται από αυτήν. Συνήθως προκαλούν φαγούρα ή και ασυνήθιστες εκκρίσεις από τον κόλπο. Στα αρχικά τους στάδια αυτές οι λοιμώξεις μπορεί να δώσουν την εντύπωση μίας ουρολοίμωξης και το αντίθετο. Ο ιατρός σας καλείται να διαχωρίσει τις δύο, γεγονός που μπορεί να μην είναι εφικτό στα πρώτα στάδια αυτών. Μία καλλιέργεια κολπικού επιχρίσματος και γενική και καλλιέργεια ούρων μπορεί να διαχωρίσει τα δύο, και οι δύο όμως αυτές εξετάσεις καθυστερούν χρονικά και τα αποτελέσματα μπορεί να είναι πλέον διαθέσιμα όταν έχει εκδηλωθεί πλέον πλήρως η λοίμωξη προς τη μία ή την άλλη κατεύθυνση. Καλό είναι να γίνεται λήψη των διαφόρων δειγμάτων πριν την έναρξη εμπειρικής θεραπείας.