Η διαπερινεϊκή βιοψία προστάτη συνήθως εκτελείται στα πλαίσια μίας νοσοκομειακής δομής με καταστολή ή αναισθησία. Η διαδικασία εκτελείται με τη χρήση υπερήχου από το ορθό όπως και στη διορθική μέθοδο για την απεικόνιση του αδένα, αλλά οι βιοψίες λαμβάνονται από την περιοχή ανάμεσα στους όρχεις και το ορθό. Η διαδικασία της διαπερινεϊκής βιοψίας μειώνει τα ποσοστά λοίμωξης έναντι της διορθικής καθώς τα τρυπήματα δε γίνονται από το έντερο, που είναι αποικισμένο με άφθονους μικροοργανισμούς, αλλά από μία περιοχή του δέρματος που καθαρίζεται με διαδικασίες χειρουργικής αντισηψίας.

Την εξέλιξη της διαπερινεϊκής βιοψίας αποτελεί η 3D fusion διαπερινεϊκή βιοψία προστάτη, η οποία συνδυάζει τα ευρήματα μίας εξέτασης που λέγεται πολυπαραμετρική μαγνητική τομογραφία προστάτη και η οποία μπορεί να υποδείξει ύποπτες περιοχές για ανάδειξη κακοήθειας, με την εικόνα του υπερήχου. Το εκμαγείο του προστάτη καθορίζεται από το χειρουργό ενώ οι ύποπτες περιοχές έχουν υποδειχθεί από τον ακτινολόγο. Κατά τη διαδικασία χρησιμοποιείται λογισμικό που “παντρεύει” το απεικονιστικό εύρημα της μαγνητικής τομογραφίας, με την εικόνα του υπερήχου που λαμβάνεται σε πραγματικό χρόνο την ώρα της επέμβασης. Η παραπάνω διαδικασία μπορεί να βοηθήσει στη λήψη πιο εστιασμένων δειγμάτων από τις ύποπτες περιοχές και έχει τεκμηριωμένα υψηλότερη διαγνωστική ευαισθησία.

Ο προστάτης αδένας και η βλάβη επισημαίνονται στην εικόνα της μαγνητικής τομογραφίας και το αποτέλεσμα αυτής της διαδικασίας, αποτυπώνεται πάνω στην υπερηχογραφική real time απεικόνιση του προστάτη κατά τη βιοψία. Η διαδικασία επιτρέπει τη λήψη συστηματικών βιοψιών (χαρτογράφηση-τυχαίες βιοψίες από διαφορετικά σημεία του αδένα) καθώς και την αποτελεσματικότερη στόχευση των υπόπτων περιοχών.